Die meisten Infektionen mit Borrelien verlaufen unbemerkt. Falls es jedoch zu Beschwerden kommt, sind diese sehr unterschiedlich und können zu verschiedenen Zeitpunkten einzeln oder in Kombination auftreten: 

Das Frühstadium geht meistens mit einer ringförmig nach außen wandernden Hautrötung (Wanderröte / Erythema migrans) einher, die sich in der Regel innerhalb einiger Tage bis weniger Wochen nach dem Zeckenstich langsam ausbreitet. Begleitend können unspezifische Symptome wie Fieber, Muskel- und Gelenkschmerzen und Lymphknotenschwellungen auftreten. 

Unbehandelt kann Wochen bis Monate später das Zweitstadium auftreten, in dem vor allem das Nervensystem betroffen ist. Neben schmerzhaften Nerven- und Hirnhautentzündungen kann es dabei zu Lähmungen (vorwiegend der Gesichtsnerven) kommen. Auch Herzmuskelentzündungen sind möglich.

Im dritten Stadium, das noch nach Monaten bis Jahren eintreten kann, werden vor allem die Gelenke befallen, insbesondere in Form von entzündlichen Schwellungen der Knie- und Sprunggelenke. Es können auch Erkrankungen der Haut und des Nervensystems auftreten.