Zur Vermeidung von Schmierinfektionen sollte eine effektive Händehygiene durchgeführt werden: gründliches Waschen der Hände mit Seife nach jedem Stuhlgang, nach dem Wechseln von Windeln und vor der Zubereitung von Mahlzeiten, Verwendung von Einmal-Papierhandtüchern. Gegenstände und Flächen, die mit infektiösen Ausscheidungen von Erkrankten in Berührung gekommen sein können, sollten desinfiziert werden.

Auf das Schwimmen in Schwimmbädern und Badegewässern sollte für mindestens 14 Tage nach Abklingen der Durchfallsymptome verzichtet werden.

Kontaktpersonen sollten über ein Infektionsrisiko und die möglichen Krankheitszeichen informiert sein, damit ein rechtzeitiger Arztbesuch unternommen werden kann. Stuhluntersuchungen von engen Kontaktpersonen und Haushaltsmitgliedern von an Kryptosporidiose erkrankten Personen sollten erfolgen, sobald Symptome auftreten.