Krankheitszeichen sind anfangs meist Kopfschmerzen, Fieber und allgemeines Krankheitsgefühl. Innerhalb weniger Tage kommt es zu neurologischen Symptomen, wie Verhaltensauffälligkeiten, Sprach- und Gangstörungen. Im weiteren Verlauf entwickeln die Erkrankten eine schwere Enzephalitis und fallen nach einigen Tagen bis Wochen in ein tiefes Koma. Die meisten Erkrankungsfälle (> 90%) versterben an der Bornvirus-Infektion.